Os riscos envolvidos nesse procedimento são mínimos e geralmente estão ligados ao uso de anestesia. Casos graves envolvendo doadores são extremamente raros e, quando ocorrem, costumam ser situações que podem ser controladas. Por isso, a saúde do doador é cuidadosamente avaliada antes da doação, e somente pessoas com boas condições físicas são autorizadas a realizá-la. Alguns doadores podem sentir um leve desconforto, como dor no local da retirada, dor de cabeça ou cansaço. Em aproximadamente quinze dias, a medula óssea do doador já estará completamente regenerada.